申扎縣地處西藏中部,、岡底斯山和藏北第二大湖色林錯之間,。申扎縣屬南羌塘高原大湖盆地帶,，地勢較緩,，丘陵、高山與盆地相間,。丘頂與山地的相對高差一般在 300－500米之間,，坡度較大，有些地表多為風化的凍裂碎石堆和巖屑坡,。在盆地低洼處,，常漏水成湖且大小不等，河流縱橫交錯,。南部和北部平均海拔在 4800米以上中部偏低,，海拔均在4700米左右。