隨著現(xiàn)代科學(xué)的發(fā)展,，出現(xiàn)了自然分類系統(tǒng),。它的優(yōu)點(diǎn)是更科學(xué)化、系統(tǒng)化，更能符合自然發(fā)展的規(guī)律,。按照我國傳統(tǒng)醫(yī)藥（包括漢醫(yī)藥和民族醫(yī)藥）學(xué)著作的分類方法，無論是按藥用部位（根,、莖,、葉、花,、果實(shí),、種子、全草,、皮,、樹脂或心、肝,、脾,、腎、肉,、血,、角、爪,、骨）,，或性味功效，或藥名條目筆劃排列的分類法,，都存在一些重復(fù),，且有許多問題難以圓滿解決。如同一種植物的根,、莖,、葉、花,、果實(shí),、皮分別入藥時(shí),，則在各部位都要出現(xiàn)該種植物。為了照顧不熟悉自然分類系統(tǒng)方法的老醫(yī)生,，可在書末作一個(gè)按藥名筆劃為序或性味功效的分類附錄,，以利于查閱。
　　按自然分類系統(tǒng),，究竟如何排列,？筆者主張遵循大自然的客觀規(guī)律，其順序是礦物藥,、植物藥,、動(dòng)物藥3大類。礦物藥按成礦因素或礦物化學(xué)成分分類排列,。植物藥按孢子植物（藻,、菌、苔蘚,、地衣,、蕨類）、裸子植物,、被子植物（雙子葉,、單子葉）為序。動(dòng)物藥按魚,、兩棲,、爬行、獸,、禽,、昆蟲為序。
　　藏藥的分類自成系統(tǒng),，與其他藥學(xué)體系不同。以下僅以礦物藥的分類為例,，加以分述,。
　　藏文獻(xiàn)將礦物藥分為珍寶、石,、土,、鹽堿4類，共177品850味,。其品,、味數(shù)相差如此懸殊，除前所講一物多名外,，其他因素有待進(jìn)一步研究,。本書未按礦物成因和成分分類,，暫用《晶珠本草》分類法。
珍寶類藥物　
　分不熔和可熔性兩類,。包括57種,，166味。不熔性珍寶有金剛石,、玉石,、藍(lán)寶石、吠琉璃,、映紅,、曲亮、曲強(qiáng)奈喇,、銅墨,、刀拉、翡翠,、蛇寶,、如意石、水晶,、珊瑚,、司亮、花斑璃,、紅瑪瑙,、琥珀、珍珠等42種,，104味,。可熔性的珍寶類藥物有金（黃金,、赤金）,、銀、水銀,、紅銅,、鐵、鐵銹,、霹靂鐵,、鐵隕石、青銅,、黃銅,、錫、鉛,、鋅等15種,，61味,。
　　珍寶類藥物功效廣，在治療疑難重癥的處方常用,。如黃金能解珍寶類藥物中毒,，健體強(qiáng)身、延年益壽,。銀能收斂"黃水",、干膿血。銅清肝,、肺之熱,，干膿血。鐵解肝中毒,、消浮腫,、治眼疾。珍珠治腦漏,。珊瑚清肝熱,、脈熱、毒熱,。藍(lán)寶石除諸病,。紅瑪瑙辟邪、治癲癇,。琥珀明目,，治翳障。
石類藥物
　　分不熔和可熔性兩類,，包括64種,，594味。
　　可熔性石類約有14種,，22味,。如磁石有治腦骨傷、脈病,、拔彈鏃之效,。金、銀礦石可舒瀉脈病,，引流“黃水”?；ㄈ锸髂?、愈瘡、干“黃水”,。銀砂接骨,。錫礦愈瘡,、斂膿、生肌,。
　　不熔性石類藥約有49種,，527味。如赤石脂干“黃水”,，固骨脂,、接骨。甘石清肝熱,，斂“黃水”,。寒水石清“培根”熱、治骨髓炎,。豬頭石補(bǔ)骨,、健骨，托引“黃水”,。石燕,、石腦、石膽,、龍腦石均有補(bǔ)腦,、干“黃水”、愈傷之效,。云母石清骨熱,、利目。石青舒脈益?zhèn)?，治腎病,、淋病?；杳}通絡(luò),。
土類藥物
　　土類藥物分天然和炮制兩類。包括17種,，31味,。如金砂治脈病、腎病,。禹糧土清脈熱,、愈臟傷、干膿血,。黃丹清脈熱,、肌熱，祛腐生肌。靛青治燒傷,、眼疾,。堿士清煩熱、除瘟疫熱,。獺洞土治“察乃”病,。
　　在精華類藥物中尚有石膏，清肺熱,、利黃膽,。牛黃、象黃清肝熱,、腑熱,。地松脂（系含金、銀,、銅,、鐵、錫,、鋅等的單一礦復(fù)含礦巖中滲出的汁液,，凝結(jié)成塊狀物）清胃熱、肝熱,、腎熱,，除諸熱，治一切熱性病,。
鹽堿類藥物
　　鹽堿類藥物的形成是由水素和火熱二因素所致,。其形成過程雖有神奇之說，但從藏藥理論上講,，它認(rèn)為鹽堿類藥物具有水的稀涼,、重、鈍,、緩,、潤、軟七效,；具有火的熱,、銳、燥,、糙,、輕、干,、動(dòng)七效,。其功效生“培根”、“赤巴”，祛風(fēng),、通二便。性銳而開胃,、消食,、生血?！秴f(xié)據(jù)》（論說醫(yī)典）記載：“鹽堿的功效開竅散痞,、生熱發(fā)汗，提升胃熱,、開胃,；內(nèi)服過量，會(huì)導(dǎo)致脫發(fā),、白發(fā),、煩渴、生癲,、生丹毒,、生血、生'赤巴',、肌膚皺紋多,、記憶力減退?！薄对鹿狻酚涊d：“鹽堿味咸,、甘、酸,，性重,，開通腸結(jié)，通二便,?！钡煌N類鹽堿性味功能也不一樣。大青鹽生“培根”,、“赤巴”,，光明鹽和黑鹽則不生“培根”、“赤巴”,；大青鹽利氣,，而硵砂和白秋石鹽則不利氣。因此對(duì)不同種類藥要作分析,。
　　加察（硵砂）解毒,、殺蟲、舒脈、祛腐,。治咽喉病,、蟲病、“黃水”病,、脈管炎,、瘡瘍久潰不斂。
　　加木察（光明鹽）,，《晶珠本草》記載：“光明鹽治消化不良,、寒性‘培’與‘龍’的合并癥?！惫饷鼷}有二品,，色白，有光澤,，狀如水晶,，敲碎時(shí)破裂呈方粒，此為上品,。反之,，色青黑，有星狀斑點(diǎn),，為下品,，稱黑鹽。光明鹽性涼,，黑鹽性溫,。
　　卡日察（紫硵砂、藏紅鹽）提升胃溫,，消腹脹,。治“培根”、“龍”的合并癥,，噯氣,、胃脘脹滿。但又有記載：紫硵砂性潤,、溫,，味辛，治上身“培根”,、下身“龍”病,，刺痛、身重,、便秘,、脘腹脹滿,、胃寒。
　　嘎策爾（明礬又名白礬）由硫酸鹽類礦物明礬石（堿性硫酸鋁鉀）煎煉而得,，軸晶系六面體,、八面體、五角十二面體,。清胃火,，治口臭、骨病,。
　　坎爾貢（白石脂）為硅酸鹽類礦石，高嶺石類粘土,，主要礦物為多水高嶺石受熱逐漸脫去二分子水而成,。其功效治蟲病、中毒病,、兇曜病,、齲齒。
　　吉崗（石灰石）為碳酸鹽類礦物,，主要是碳酸鈣的粉狀塊,。其功效治肺炎、眼黃病,、各種瘡癰,。
　　吉娘察（黑鹽、鹽,、井鹽,、湖鹽等）由海水、湖水,、井水等咸水蒸發(fā)制得的氯化鈉結(jié)晶,，常帶有鉀、鎂,、鈣,、碘等鹽。其功效治“培根”與“龍”合并病癥,、眼病,、消化不良、寒性病,。
　　納札爾（黑礬,、綠礬、青礬,、皂礬等）系硫酸鹽類礦石,，又稱皂礬,、黑礬、青礬,。其功效治口腔病,、牙齦病、傷口腐肉,、瘤子,。
　　布圾（膽礬）為五水硫酸銅礦石，亦可化學(xué)制備,。有的含鎂和鋅,。其功效治癰疽腫毒、瘤子,、眼中胬肉,。
　　喔朵（堿花）為咸水湖（池）天然生成的一種含碳酸鈉與碳酸氫鈉混合物的結(jié)晶。其功效祛腐,、排膿解毒,、助消化。治“培根”胃脹,、蟲病,、中毒性肝病、胃寒,、胃腸炎,、食物中毒、傷口久潰不斂,、瘡癰,、大小便不利。
　　扎日察（鹵鹽或鹵堿）為食鹽滴下的鹵水收集濾過,，蒸干而得的氯化鎂,，其中尚含少量鈉、鉀,、鈣,、鍶、鐵,、硼,、硫、溴等,。其功效治“培根”病,、消化道疾病、生殖腺疾病,。
　　察拉（硼砂）是硼酸鹽礦物中最常見的一種,。其功效活血化瘀,、祛腐生肌。治動(dòng)脈硬化,、“黃水”病,、月經(jīng)閉阻、便秘,、瘡瘍不斂,。
　　亞哇卡（芒硝）為硫酸鹽類礦石。其功效溫胃,、助消化,，治胃寒、便秘,。
　　藍(lán)察（大青鹽）,，其功效消食、破痞瘤,，治“培根”與“龍”合并癥、痞瘤,、喉炎,、消化不良?！　岵欤ń躯}）系野牛,、巖羊、山羊的角炒黃,、研細(xì)粉,，三角各1份、食鹽3份,、水8份共煮,，不斷攪拌加入少許朱砂和堿花，煮至成糊狀,，裝入白骨質(zhì)的巖羊角空洞中,，置熱灰中3晝夜即成。其功效治胃寒,、大小腸寒癥,、六腑寒性病。
　　賽爾扎日（黃礬）為硫酸鐵類礦石,，其功效祛腐生肌,，破痞瘤。
　　藏醫(yī)藥文獻(xiàn)中記載礦物藥多達(dá)177種,，850味,。目前已知臨床應(yīng)用的僅百余種左右,。其數(shù)相差懸殊的原因，一是部分藥物失傳,，雖有記載,，但實(shí)物不明。二是一品名（物）則包括多種別名或加工炮制后的名,，如寒水石一名（物）則有500個(gè)品名,。其來源是將寒水石分為雄、雌,、中,、子、女5種,，每種又分特,、上、中,、下四品,，即20品。然后再以5色分類,，即20x5=100品,，再以5鈀相雜予以排列組合，于是成為500品了,。地松脂一物有115品名,，其來源與寒水石相似。由此產(chǎn)生了品種與味數(shù)的懸殊,。